DIS har inte haft ekonomisk möjlighet att anlita experthjälp för granskning av hela slutrapporten. Detta har dock gjorts av Anders Björkman i hans senaste bok. resurserna räckte bara till att låta Alve Went undersöka frågan om hur vatten kunde komma in i Estonia. Denna undersökning visade att slutrapporten motsäger sig själv på den punkten.

Alve Wendt drog slutsatsen att de två utredningarna som gjorst av VTT och Mikael Huss och som återfinns i den tjocka bilagan till slutrapporten, nämligen att bogvisiret pga av undermålig konstruktion i kombination med höga vågor slets loss, drog med sig rampen och tillät vatten att forsa in på bildäck så att Estona fick slagsida och sjönk inom loppet av ca 30 min.

Mikael Huss har i sin rapport inte tagit hänsyn till omständigheten att Estonia också rullade föröver ner i en vågdal, dvs vid framåtsrörelsen kunde vatten forsa ut från bildäck och först vid tillbakarörelsen åter forsa in. Vidare har haverikommissionen inte undersökt vad som hände med rampen som skall ha hängt vidöppen utåt och snett nedåt. Eftersom Estonia fortfarande hade fart framåt borde rampen ha plogat ner i vattenmassorna och blivit hårt ansatt av trycket från fören, närmare bestämt det sk förpiksdäcket.

Huss har i sina beräkningar utelämnat det faktum att stabili-satorerna, som motarbetade krängningarna, hade en fördröjande effekt med minst fem minuter. Bland annat pga detta kunde Wendt också konstatera att det i slutrapporten på sid. 173 beskrivna rörelseförloppet under Estonias sista timme inte överensstämmer med de utredningar som finns i bilagan. Av detta tvingades Wendt härleda att rapportens slutsatser om hur Estonia vattenfylldes ingalunda grundar sig på kommissionens utredningar. Den frågan står därmed fortfarande obesvarad.

Alve Wendt kunde på ytterligare en punkt visa att haverikommissionens slutrapport i sig är motsägelsefull. På sidan 65 ff i rapporten (punkt 6.2.4) återges Henrik Sillastes vittnesmål. Sillaste skickades ner till däck 0 i närheten av bastu- och swimminpoolavdelningen för att laga vakuumsystemet. Enligt vad Andi Meister skriver i sin bok, skulle Sillaste dessutom kontrollera styrbords stabilisatorfena som man hade problem med. Detta förtigs dock av haverikommissionen.

Under sitt arbete där nera hörde Sillaste plötsligt två metalliska smällar som han inte uppfattade som vågsmällar utan som någonting helt annat. Kort därpå fick Estonia bestående slagsida mot styrbord. Som den erfarne sjöman Sillaste är, förstod han att någonting gått allvarligt på tok. Han rusar därför tillbaka till maskinrummet en bit längre akterut på däck 0, bilket tog honom ca 2-5 minuter. När han kom in i maskinrummet tittade han på en TV-monitor som var koppad till en övervakningskamera som filmade främre delen av bildäck dvs även bogramperna.

Sillaste har skissat vad han såg på monitorn. Denna skiss ingår som figur 6.1 på sidan 66 i slutrapporten och den visar tydligt att bogrampen fortfarande var stängd men att den inte var tät så att vatten kunde tränga in på sidorna, lite mer på styrbordssidan eftersom fartyget redan hade slagsida. Det sensationella med Sillastes vittnesmålär hans uppgift om att bogrampen satt kvar. Hur hade då slagsidan kunnat uppstå? Alla experter är överens om att den förhållandevis ringa vattenmängd som kom in vid den otäta rampen inte kunde orsaka slagsida. Haverikommissionen måste därför hävda att rampen stod vidöppen så att stora mängder vatten kunde forsa in. Så var inte fallet.

Den 26 okt. 1994 sände den svenske utredaren Börje Stenström ett fax (A 32 e SHKs Estoniaarkiv) till sin chef, Olof Forssberg, där han begärde att Estonias stabilitet med vatten på dildäck skulle beräknas och att Estlands och Finlands kommissionschefer informerats.

Slutrapporten utreder inte heller om de vattentäta dörrarna var öppna. Dessa dörrar beskrivs över huvud taget inte, vare sig till antal eller lägen.

Även professorn i marin konstruktionsteknik vid Chalmers Univeristet Anders Ulfvarson har granskat slutrapporten och den 23 sept. 1998 publicerat sina resultat i Svenska Dagbladet, Brännpunkt.Han pågekar att haverikommissionens beskrivning av händelseförloppet, enligt vilken vatten spolade ner i trapphuset och fyllde fartyget under bildäck, så att Estonia kunde sjunka, inte kan stämma

Denna beskrivning av hur vatten nådde utrymmena under bildäck är enligt Ulfvarson inte underbyggd av analys. Därmed kommer han fram till samma resultat som Alve Wendt. Han kritiserar också det presenterade haveriförloppet. Haverikommissionen förebrås också för att trots att ett hål under vattenlinjen i kombination med ett svagt visir kan vara ödesdigert. Ulfvarson kritiserar även att rampens hållfasthet respektive dess skador inte har undersökts. Citat:" Det är anmärkningsvärt då rampen är lika viktig som visiret".

Journalisen på Finanstidningen Kurt Carlqvist har studerat många vittnesmål från överlevande. Citat:" De tidigaste förhören med de överlevande berättar en annan histora om Estonias undergång än haverirapporten. Media och myndigheter samverkade redan från början i massiv desinformation".

I sin undersökning av vittnen som hade hytt på däck 1 har Carlquist upptäckt att dessa kan indelas i två grupper. Den ena gruppen vittnar om vatten på däck 1. Den andra gruppen vittnar om vatten på däck 2, dvs på bildäck respektive på den nivån. Det finns dock inga vittnesmål från personer som iakttagit vatten på bägge platser. Han visar aockså att vittnesmålen om förekomsten av vatten på däck 2 (bildäck) är mer svävande och motsägelsefulla.

Knut Carlqvist upptäckte att en del av förhören var försedda med bilagor. För att bistå sina kolleger i landsorten hade Stockholmspolisen faxat ut ett formulär med ett trettiotal frågor. Till detta formulär fogades ett klipp ur Aftonbladet den 1 okt. 1994, där olyckan förklarades med grafisk skärpa. Under en bild av ett gapande bogvisir står citat: "Här börjar katastrofen enligt vittnesmålen..." I några fall var den överlevande på klippet markerad varifrån han hoppade i vattnet. Förhörsledarna och de överlevande har slagit sina kloka huvuden ihop för att rekonstruera vad som skett.

Problemet är bara det, att endast ett fåtal vittnesmål hade upptagits vid den tiden. Någon på Sjöfartsverket har dock föregripit sjöförklaringen och levererat ett enkelt och självklart svar, som gjort för medierna. Naturligtvis hade de som förhördes på slutet redan hunnit ta del av vad som stod att läsa om olyckan i tidningarna resp. vad som visades på TV.

Knut Carlqvist visar nu att de svenska vittnen som utsattes för Sjöfartsverkets förklaring har sett vatten på bildäck. Det andra som inte utsatts för denna påverkan, vittnar om vatten på däck 1. Inget av de förhörda vittnena med hytt på däck 1 vittnar om enridå av nedstörtande vatten i trapphusen.

Carlqvists undersökning är mycket värdefull efterom den visar att den svenska utreningssidan var först med att förvanska sanningen. Det finns dock vittnen som utsatts för påverkan men trots detta vidhållit att de sett vatten på däck 1. Slutrapporten lämnar ingen förklaring till dessa vittnesmål.