Natohelikoptrarna skulle släppa materiel ämnat för polisen i provinsen Ghazni.
Men i stället släpptes lådorna i ett område som kontrollerades av talibanerna.
Nato vill inte säga vilket land som gjorde felet, eller vad som fanns i lådorna. Men enligt lokala källor innehåll lådorna kulsprutor, automatkarbiner, granater, ammunition, mat och vatten.
Ingen konspiration
Nato arbetar nu för att återfå lokalbefolkningens förtroende.
– Våra marktrupper försöker föra fram misstaget att vi inte medvetet förser talibanerna med vapen, säger en talesman för Nato till Guardian.
Ändå har afghanska politiker antytt att händelsen inte var något misstag. Nato nekar dock bestämt till att medvetet ha beväpnat sin fiende.
– Vi vet vad som hänt men hetsar inte upp oss över det. Det låter som ett misstag snarare än en konspiration.